Tras la presentación del sistema Mac OS 9, varios desarrolladores de terceras partes han encontrando problemas de compatibilidad entre sus aplicaciones y las versiones finales del sistema proporcionadas a los desarrolladores. A la incompatibilidad entre Mac OS 9 y la utilidad ATM y ATR de Adobe, que ya ha sido resuelta con la versión 4.5.2, se han añadido las versiones actuales de StuffIt Expander, StuffIt Deluxe y DropStuff, de Aladdin Systems, que según la portavoz de la compañía son incompatibles con Mac OS 9. Sin embargo, el propio Mac OS incluirá nuevas versiones de Expander, DropStuff y StuffIt que sí serán compatibles con Mac OS 9

Symantec también ha tenido que modificar la versión 4.0.4 de Norton Utilities para Mac OS 9, y recomienda que los usuarios de la aplicación se actualicen a la versión 5 de Norton Utilities y a Norton Antivirus 6, antes de migrar a Mac OS 9, ya que las versiones anteriores no estaban pensadas para funcionar en versiones mayores de Mac OS 8.x.

Los desarrolladores han señalado a Apple como la responsable de estos problemas de compatibilidad entre sus aplicaciones, a lo que Apple ha respondido criticando los métodos de programación de los desarrolladores. Éstos, por su parte han estado evadiendo cualquier conflicto intentando acceder al Bloque de Control de Archivos (FCB) de Mac OS, el método del sistema para seguir el rastro de todos los archivos abiertos. El problema, según los desarrolladores, ha surgido por la decisión de Apple de cambiar a última hora la estructura del Bloque de Control de Archivos, lo que les ha impedido acceder al mismo.